C'è una scena che gli automi del grande orologio astronomico del Duomo di Messina ripetono tutti i giorni, a mezzogiorno, subito dopo il canto del gallo, mentre dagli altoparlanti si diffonde il suono dell'Ave Maria di Gounod. Nel vuoto della finestra che si apre al terzo ripiano appare una colomba, che compie un largo giro sul monte: subito dopo dal suolo lentamente si solleva una chiesa che gli spettatori non tardano a riconoscere per quella stessa che si offre al loro sguardo se appena si volgono verso sinistra con un giro di 90 gradi: il Santuario di Montalto.

Gli ideatori del grandioso meccanismo hanno voluto così realizzare una rievocazione storica di ciò che, secondo quanto racconta il Samperi nella sua Iconologia, avvenne sul colle della Caperrina il 12 Giugno 1286.

Un fraticello di nome Nicola, che viveva in un piccolo romitorio alle falde del colle, sollecitato da una visione della Vergine Santa, aveva convocato sull'altura i capi della città e il popolo, e lì, a mezzogiorno, una bianca colomba scese dall'alto e, volteggiando a fil di terra, segnò il perimetro della chiesa che, secondo le rivelazioni a Fra Nicola, la Madonna voleva eretta sul colle.

Nel Giugno del 1295 la chiesa era terminata e aperta al culto, una chiesetta di appena m. 8 x 14, con l'abside volta a oriente secondo l'antica usanza, destinata a diventare il più celebre Santuario di Messina, vero Palladio della città.

Essa nasceva in un contesto storico molto movimentato, legato alle vicende del « Vespro Siciliano ».

Il 28 Aprile 1282, circa un mese dopo l'insurrezione di Palermo, anche Messina si ribellò ai Francesi, dando inizio a un periodo di epiche lotte che si trascinarono per un ventennio, fino al 31 Agosto 1302, data in cui fu segnata la pace di Caltabellotta.

Durante le alterne vicende di questo ventennio i Messinesi, oltre che nella forza delle loro armi, avevano posto la fiducia nella protezione della Vergine Maria, a cui rivolgevano continue preghiere. E la Madonna rispose all'attesa dei suoi devoti, proteggendo la città anche con segni visibili. Tra questi gli storici ne ricordano particolarmente due:

Il primo fu l'apparizione di una Bianca Signora sugli spalti della città, che rincuorava i combattimenti messinesi e incuteva spavento nei loro nemici.

Il secondo segno è legato agli ultimi mesi di guerra. La città era ancora cinta di assedio e prossima a cadere per fame; alcune galee, provenienti dal Sud, insperatamente forzarono il blocco ed entrarono nel porto per approvigionare la città, senza che i Francesi potessero impedirlo. Il fatto straordinario fu attribuito in modo particolare alla interecessione del Santo monaco carmelitano Alberto, che allora viveva a Messina, e tuttora è ricordato dal Vascelluzzo che ogni anno viene portato in processione nel giorno del Corpus Domini.

La chiesa fu intitolata S. Maria dell'Alto, e divenne poi S. Maria di Montalto.

Alcuni anni dopo, secondo la tradizione, l'8 settembre 1300, la chiesa fu dotata di un quadro della Madonna che sarebbe stato portato a Messina da una nave dall'oriente, non senza un palese intervento miracoloso. Questo quadro fu gravemente danneggiato dal terremoto del 1908; restaurato negli anni '80 e posto sull'altare maggiore del Santuario.

Nella battaglia di Lepanto, avvenuta il 7 ottobre 1571, in quello stesso giorno e in quella stessa ora, il popolo messinese pregava nel Santuario di Montalto per la vittoria della flotta cristiana. A perpetuo ricordo il senato fece scolpire, probabilmente da uno dei Calamech, una statua marmorea della Madonna della Vittoria, che fu posta su di una torre accanto alla chiesa, e ora si trova sulla facciata del nuovo Santuario fra le due torri campanarie. Con lo stendardo che regge, la statua ci ricorda vagamente la Dama Bianca che durante la guerra del Vespro si aggirava sulle mura della città a protezione dei messinesi. E' forse da allora che ogni anno, il 12 giugno, in occasione della festa della Colomba, a mezzogiorno viene issato il labaro della Città di Messina nelle mani della Madonna, mentre si liberano uno stormo di colombi. Sin al 1860 l'alzabandiera era salutato dal rombo dei cannoni.

Un'altra tradizione è legata al triste ricordo della pestilenza che imperversò nella città il 1743. Allora il Senato Messinese invocò la Vergine perhè liberasse la città dall'epidemia e fece voto di offrire ogni anno un cero. La festa della Colomba vede così anche oggi rinnovarsi questa offerta da parte dell'Amministrazione Comunale di Messina.

Fin dalla fondazione il Santuario fu affidato alle cure di Suore Cistercensi che avevano il loro monastero presso la Fiumara S. Michele, approssimativamente là dove ora sorge la Chiesa del villaggio Ritiro, e già convento dei Padri Carmelitani. Di questo monastero era badessa Suor Giovanna, al cui nome sono molto legate le prime vicende del Santuario. Le Cistercensi sentirono presto il bisogno di costruirsi il monastero accanto allo stesso Santuario, e, vincendo difficoltà di vario genere, tra cui l'originario impegno di non trasferirsi accanto ad esso, acquistarono nuovo terreno e costruirono un convento che conobbe periodi di grande floridezza. Le leggi eversive fecero sloggiare le suore nel 1866 e il terremoto del 1908 lo ridusse a un cumulo di macerie, insieme con il Santuario.