All'interno del Duomo si trova il museo nel quale sono custodite opere di grande valore artistico. L'opera più ammirata è la "Manta d'oro" dedicata alla Madonna della Lettera da Innocenzo MANGANI (1668), essa è arricchita da preziosi ex voto.

Si trova pure la reliquia dei capelli di Maria di Nazareth, essi sono custoditi all'interno di una pigna in cristallo di rocca del decimo secolo e durante la festa del tre giugno vengono portate in processione per le vie di Messina di cui Maria è la Patrona.

Reliquiari in argento sbalzato di San Marziano del dodicesimo secolo, di San Nicola del quindicesimo secolo e di San Paolo del secolo diciassettesimo.

Si può ammirare il busto in argento di San Bartolomeo ABATE (1645) e di San Giovanni CRISOSTOMO; dei candelabri di bronzo e argento, paramenti sacri, calici in argento dorato e smaltato, un turibolo con coppa barocca del cinquecento.