Ma nel febbraio del 1169, a seguito di un maremoto abbattutosi sulla città, rimase danneggiata, e perciò la sua consacrazione, o riconsacrazione, avvenne i1 21 settembre del 1197, due anni dopo che alla dinastia dei Normanni era succeduta quella degli Svevi. Si era sotto il pontificato di Celestino III, fu effettuata dall'arcivescovo benedettino Bercio o Berardo, alla presenza della regina Costanza e di suo marito Arrigo VI re di Sicilia e imperatore di Germania.
Nel lungo elenco dei privilegi concessi da Arrigo VI alla città, figurava anche la dotazione alla nuova Chiesa di Messina del territorio di Ferlito ed è probabile che il titolo di Cattedrale sia stato dato a questa chiesa in questo periodo.
La quasi millenaria storia del tempio si svolgerà poi in una alternanza di distruzioni e ricostruzioni, di danneggiamenti e restauri, che finiranno spesso per modificare le linee originarie, in parte abbellendole e in parte deturpandole. Non poteva essere diversamente in questa che è la città dei terremoti.
La prima disavventura, tuttavia, non venne da un terremoto, ma da un incendio, e fu nel 1254, in occasione dei funerali dell'imperatore Corrado IV figlio del più noto Federico II, cagionata dalla gran pira di ceri. Arse il tetto ligneo ma arse pure la salma dell'imperatore, le cui ceneri furono raccolte e, collocate in un'urna, trovarono posto nell'abside, sopra il coro, e vi restarono fino al 1943, quando un altro più spaventoso incendio, il 13 giugno, distrusse ancora una volta la cattedrale, provocato questa volta dagli spezzoni incendiari dei bombardieri americani. I resti mortali di Corrado IV già cremati durante un incendio, furono così distrutte dopo 600 anni da un altro incendio.
Furono riparati i danni del rogo del 1254. Dopo alcuni decenni, Messina ebbe la fortuna di avere quale Arcivescovo Guidotto De Tabiatis (1304-1333) che si rivelò, oltre che saggio e pio, intelligente mecenate. Con lui inizia un periodo di lento ma continuo arricchimento artistico dell'edificio sacro, che si può considerare progressivo fino a tutto il 'S00. Vengono introdotti elementi decorativi di grande rilievo, quali i mosaici delle absidi, le policrome decorazioni del soffitto, i portali, il rivestimento marmoreo della facciata.
A Giovanni Angelo Montorsoli, già discepolo e collaboratore del grande Michelangelo Buonarroti, si deve il fantasioso pavimento, vero ricamo di figure geometriche e l'imponente rivestimento dell'Apostolato. Oltre al Montorsoli espressero nel Duomo il loro genio artisti come Goro di Gregorio, Rinaldo Bonanno, Antonio Gagini con la sua famiglia, i Calamech venuti da Carrara, Montanini, i Maffei, Jacopo del Duca, Giacomo Gullì, Guarino Guarini, gli Antoni con il grande Antonello e cento altri scultori, pittori, architetti, argentieri, intagliatori.
Meno fortunati i secoli successivi! Il barocco imperversò con la sovrapposizione di elementi decorativi che deturparono la nobiltà e semplicità delle linee: stucchi, cornici, putti, festoni, una infinità di altari ed altarini. Si giunse a trasformare i sesti acuti in arcate romaniche a tutto sesto tra colonna e colonna. Frequenti disastrosi terremoti facilitarono questa azione deturpante, perché i restauratori, anziché compiere opere di ripristino, preferirono obbedire ai gusti del tempo. Dopo il terremoto del 1783, uno dei più gravi, fu persino sovrapposta una cupola all'incrocio della navata col transetto. In seguito fu demolito il campanile, che era già stato decapitato, e furono create due torri affiancate alle absidi. Sopraggiunse il terremoto del 1908: quasi tutto crollò, restò soltanto la parte absidale.
