Operata negli anni venti del secolo scorso, con il contributo dello Stato, riportò il tempio alle sue linee originarie. Grazie a pazienti opere di restauro fu possibile recuperare quasi tutte le opere d'arte: statue ridotte in centinaia di pezzi vennero restituite alla loro bellezza. Mons. Angelo Paino tentò di arricchire il tempio con elementi che ben si sposavano a1 recuperato stile gotico-normanno, e in pochi anni splendidi mosaici rivestirono le pareti. II programma era che tutte le pareti dovessero brillare di mosaici, per i quali erano impegnati i più grandi artisti del tempo, quali Aristide Sartorio, Giulio Bargellini, Rodolfo Villani.
Una nuova sventura, per certi aspetti la più grave di tutte, si abbattè sul tempio la notte del 13 giugno 1943. Il martellante fuoco dei bombardamenti alleati trasformò in rogo la bella cattedrale, che era stata inaugurata appena 14 anni prima. Resistettero soltanto i solidi muri perimetrali. Le fiamme divorarono ogni cosa, calcificarono i marmi, a cui avevano lavorato sommi artisti, e fusero i bronzi. Mesta testimone della nobiltà accumulata nei secoli rimane soltanto la statua gaginiana di S. Giovanni Battista, che il fuoco ammantò di nero, quasi per addossarle il lutto dello splendore perduto.
Spettò di nuovo all'Arcivescovo Paino compiere il miracolo di una nuova resurrezione. Nell'agosto del 1947, appena quattro anni dopo la distruzione, la cattedrale veniva riaperta al culto e il Papa Pio XII la insigniva del titolo di basilica minore. Tutto sembra tornato allo splendore di prima, ma é- solo una copia, più o meno fedele, del patrimonio distrutto, oppure opera di artisti contemporanei.
La storia del maggior tempio di una città, però, non è soltanto quella dei suoi muri e dei suoi monumenti. Essa deve essere inserita nella storia della stessa città.
Il Duomo di Messina non è mai stato freddo spettatore di ciò che avveniva in città, ma partecipe della sua vita, delle sue gioie come delle sofferenze, dei trionfi e delle distruzioni. A loro volta i messinesi si sono ritrovati nel loro tempio in tutti gli avvenimenti lieti e tristi, per implorare misericordia o per rendere grazie, ma anche per prendere decisioni impegnative.
Nel Duomo, durante la guerra del Vespro, venne ricevuto, con molto onore, il legato pontificio, venuto per perorare la causa di Carlo D'Angiò, ma con altrettanta dignità e fermezza, il popolo, guidato da Alajmo da Lentini, respingeva le proposte. Pochi mesi dopo veniva accolto il re Pietro d'Aragona e, dopo di lui, re e regine, governatori ed ambasciatori spagnoli, tedeschi, savoiardi e borbonici riservavano al Duomo la prima visita, incontrandovi i cittadini.
Si ricorda l'ingresso trionfale di Carlo V reduce dalla vittoria di Tunisi sui Mori nel 1535. Da qui, dopo aver pregato con il popolo, nell'agosto del 1571, partiva don Giovanni D'Austria per l'impresa di Lepanto, e qui tornava il 2 novembre per celebrare la vittoria.
La Cattedrale è coinvolta anche nella rivoluzione antispagnola del 1674: il Viceré Francesco Bonavides, dopo aver domato la rivolta, rade al suolo il palazzo senatorio e la "punisce" distruggendone il campanone, reo di aver chiamato a raccolta i cittadini. Col suo bronzo fa fondere la statua equestre di Carlo II. Non contento di aver privato la chiesa della sua voce, la depaupera del suo ricchissimo archivio e lo trasferisce a Madrid, dove ancora deve recarsi chi vuole approfondire la storia di Messina su documenti originali.
Ma non sono soltanto i grandi avvenimenti a coinvolgere i cittadini nel loro Duomo. Essi vi accorrevano, sino al tempo del grande terremoto, ogni sabato per celebrare le Laudi della Madonna della Lettera, loro patrona, ed in questa occasione la Cappella Musicale sfoggiava il suo più bel repertorio. Era diretta da famosi musicisti come Domenico Reale, Paolo Abagnato, Antonio Laudamo, Giacomo Lcngo. Nel 1824, si era proposto a concorso, quale direttore, il grande musicista catanese Vincenzo Bellini.
